1981年，由张钟俊院士和王浣尘教授等共同倡导，经上海市科委批准，依托上海交通大学管理科学与工程学科点，成立了“上海交通大学系统工程研究所”。1982年获得系统工程硕士学位授予权，1985年获得博士学位授予权，同年（与本校自动控制学科点联合）被批准设立博士后流动站。1995年被评为上海市重点学科。1998年学科目录调整为管理科学与工程，同年独立建立该学科博士后流动站。十几年来，共培养了博士生71名，硕士生239名，并有18名博士后出站。

90年代中期，根据管理学科和我国经济发展的需要，本学科点对学科方向作了及时调整：（1）依托社会经济系统工程的传统优势，大力发展金融工程，注重运用系统工程的方法论、理论和工具研究金融问题，取得了较好的效果。（2）将系统工程方法论的研究与当前的经济管理热点，如社会经济可持续发展、企业兼并、技术创新和城市信息化等密切结合起来，使学科发展与人才培养紧扣时代发展脉搏。（3）系统仿真与管理信息系统相结合，不仅注重理论、方法和应用的开拓，也十分重视对其他研究方向的支撑。（4）加强与工科专业的合作，努力发展工业工程，在生产运作管理、供应链和物流管理等领域取得了成果。

二十年来，教育部、上海市教委和上海交通大学对本学科点十分重视，多次给予重要支持。“九五”期间，上海市教委投入50万元，重点启动“企业兼并仿真实验系统”等五个研究项目；学校配套投入56万元，改善设备和加强教材建设。1999年，本学科点又得到学校985项目300万元的投入，加强重点研究方向的学科建设。在有关各方的大力支持和王浣尘、吴健中等教授带领下，本学科点以学科发展为龙头，在各方面都取得了长足的进步。